Historia
Fue fundado a inicios del año 2004, por la Universidad de San Martín de Porres y fue el primer club del Perú que se organizó como una Sociedad Anónima. Ascendió a la Primera División del Perú al adquirir la categoría al club Sport Coopsol, que había campeonado en la Segunda División Peruana.
En el 2004, fracasó el proyecto inicial de formar un equipo lleno de universitarios que compita contra lo más pintado del fútbol peruano, casi descienden a la Segunda División. En el Torneo Apertura 2004 acabó último con 10 puntos, en el Clausura debía hacer 44 puntos para salvarse de la baja, e hicieron 47 con lo que se salvaron en el último partido del año al ganarle 0-1 a Unión Huaral en su estadio, teniendo como técnico al argentino Oscar Malbernat. Fueron segundos del clausura, pero no les sirvió para clasificar a algún torneo internacional, pues en el acumulado estuvieron muy relegados.
En el Torneo Apertura 2005 acabaron séptimos luego de un mal arranque, pero la remontada no sirvió para llegar a puestos de honor, cosa que si pasó en el Clausura al quedar segundos, clasificando a la Copa Sudamericana 2006.
El 26 y 29 de enero de 2006, el club afronta sus primeros partidos internacionales, San Martín goleó al entonces subcampeón colombiano Real Cartagena de Colombia por 3-0 jugando de visita en el Estadio Arturo Cumplido Sierra, luego cayó por 5-2 frente al Deportivo Pereira en el Estadio Hernán Ramírez Villegas.
En el Torneo Apertura 2006, luego de una mala racha, Juan Antonio Pizzi fue contratado e hizo que el club llegue a ubicarse entre los clubes de honor, al quedar quinto. Luego en la Copa Sudamericana 2006 fue eliminado por goles de visita ante el Coronel Bolognesi. Perdió 1-0 en Tacna, pero en el Monumental ante 3.000 alumnos de la Universidad, ganó 3-2, siendo su primer triunfo en un torneo continental, pero no pudo pasar a la siguiente fase.
El domingo 27 de mayo de 2007 se consagró campeón del Torneo Apertura venciendo 2-1 a Cienciano en el Estadio Inca Gracilaso de la Vega en Cusco. En junio de 2007, San Martín viajó a Colombia para enfrentar en partido amistoso al Once Caldas el resultado fue de 1-0 a favor de los locales.
El 7 de diciembre de 2007, San Martin participa de un cuadrangular en Limaorganizado por el Club Sporting Cristal, donde fueron invitados la Liga Deportiva Alajuelense de Costa Rica con quien empató 1-1 y la Universidad Católica de Chile con quien perdió por 4-1.
El domingo 16 de diciembre de 2007, a pesar de caer 0-2 de local frente a Universitario de Deportes, salió campeón nacional del Campeonato Descentralizado por primera vez en su historia, sin disputar el play off, debido a que el campeón del Torneo Clausura 2007 Bolognesi de Tacna no se había clasificado en el Apertura entre los primeros puestos. Este título le permitió a la Universidad San Martín participar en la Copa Libertadores 2008.
En febrero de 2008, San Martin fue invitado a un cuadrangular de pretemporada realizado en Uruguay llamado Copa Suat, donde le ganó al Tacuary de Paraguay por 1-0 y perdió por penales contra Nacional de Uruguay. En Ecuador la Copa del Pacífico y en Argentina la Copa Ciudad de Santa Fe.
Su participación en el Torneo Apertura 2008 fue importante -tras un mal arranque-, quedando en el tercer lugar. En el Torneo Clausura 2008 terminaron como campeones, logrando el bicampeonato nacional del Campeonato Descentralizado debido a que Universitario de Deportes -campeón del Apertura- no logró ubicarse entre los siete primeros, lo que impidió que hubiese una definición entre ambos equipos.
Logró el título del Campeonato Descentralizado 2010, tras derrotar en la final al León de Huánuco, de la mano del entrenador Aníbal Ruíz. Empató en Huánuco 1-1 con gol de Alemanno y venció por 2-1 en Lima con goles de Pedro García y Pablo Vitti.
En su historia ya tiene cuatro participaciones internacionales oficiales, dos Copas Sudamericanas versión 2006 y 2010, y tres Copas Libertadores versión 2008, 2009 y 2011.
