Historia
El Club Deportivo Unión Comercio fue fundado el 31 de enero de 2002 en el distrito de Nueva Cajamarca. En el 2009, luego de ganar su liga distrital y la provincial de Rioja, clasificó a la Etapa Departamental de San Martín pero fue eliminado por el Deportivo Cali de Tarapoto.
En el 2010 fue campeón departamental de San Martín cuando venció a Atlético Belén por 1-0. Ya en la Etapa Regional de la Copa Perú 2010, salió primero en el grupo A de la Región II, luego de superar a Deportivo Volante, Juventud Santa Rosa y Carlos A. Mannucci. De esta forma, Unión Comercio avanzó a la Etapa Nacional, donde eliminó a Defensor San José de Tumbes en octavos de final, a Comerciantes Unidos de Cutervo en cuartos de final y a Deportivo Hospital de Pucallpa en semifinales.
Unión Comercio se alzó con la Copa Perú 2010 tras superar en la final a Alianza Porvenir-Unicachi, luego de ganar 2-0 en Tarapoto y perder 4-2 en Juliaca. No obstante, gracias a la regla del gol de visitante, se quedó con el título y el pase a la Primera División del Perú.
En su primera Temporada en Primera División del Perú, Unión Comercio se ubicó en la sexta casilla logrando la clasificación a la Copa Sudamericana. En el 2012 su campaña no fue la esperada, se ubicó en el 12° lugar y fue eliminado del certamen continental en primera ronda por Envigado de Colombia tras empatar en Pucallpa 0-0 y caer derrotado de visita por 2-0. En el 2013 la campaña fue aun peor ya que al final de las 44 fechas se ubicaron en el lugar 14° de la tabla de posiciones teniendo que desempatar el descenso a Segunda División con Pacífico en un partido extra. Los nuevo cajamarquinos finalmente se impusieron por 1-0 en el Estadio Francisco Mendoza Pizarro de Olmos, manteniendo la categoría.
Estadio
Unión Comercio ha utilizado distintos recintos en Primera División para jugar de local. El que más ha utilizado es el IPD de Moyobamba que hasta la actualidad se sigue usando; durante un tiempo, se hizo el uso del Estadio Carlos Vidaurre García de Tarapoto, que fue precisamente el primer recinto junto con el de Moyobamba donde hizo las veces de local en la Copa Perú. Dichos escenarios cuentan con una capacidad aproximada de 6.000 y 7.000 espectadores, respectivamente. Además, también usa de manera esporádica el Estadio Inca Pachacútec de Rioja, provincia a donde pertenece justamente Nueva Cajamarca.